本发明公开了一种肠道病毒小分子抑制剂及其应用。对人类免疫缺陷病毒HIV、乙型肝炎病毒HBV、丙型肝炎病毒HCV等具有抑制作用的核酸类似物小分子FNC(2’‑deoxy‑2’‑β‑fluoro‑4’‑azidocytidine)具有广谱抑制肠道病毒A71、D68型、柯萨奇病毒A6、A16和B3型的特性，可明显抑制上述病毒在RD细胞中的复制。深入研究发现FNC是通过抑制肠道病毒RNA依赖的RNA聚合酶活性起到抑制病毒正链和负链RNA的合成，从而抵抗该病毒在细胞内的复制的作用。由此，本发明提供了一种可广谱抑制肠道病毒的药物。