本发明是关于一种精子染色质结构检测试剂盒及其应用，精子染色质结构检测试剂盒包括：A试剂和B试剂；所述的A试剂包括：HCl、吐温‑20和磷酸盐缓冲液；所述的B试剂包括：吖啶橙和水。本发明的精子染色质结构检测试剂盒用于人体精子染色质DNA的染色，判断染色质DNA碎裂水平和计算发生DNA碎裂的精子比例，同时还可通过染色质与蛋白结合的程度分析未成熟精子的比例。