本实用新型公开了一种应用于冻干柜的灭菌系统，包括控制器、分别连接冻干柜的过氧化氢装置和纯蒸汽装置，过氧化氢装置通过第一进汽管连接冻干柜，纯蒸汽装置通过第二进汽管连接冻干柜，冻干柜还设有排气管以及排水管；第一进汽管上安装有第一控制阀，第二进汽管上安装有第二控制阀，排气管上安装有第三控制阀，排水管上安装有第四控制阀，过氧化氢装置、纯蒸汽装置、第一控制阀、第二控制阀、第三控制阀和第四控制阀分别连接控制器。本实用新型提高了冻干柜的灭菌效果和设备的使用寿命。