本发明公开了一种慢病毒载体全封闭生产的方法及系统，方法包括步骤1：慢病毒载体宿主细胞的培养增殖；步骤2：慢病毒载体宿主细胞的包装，将含有慢病毒载体基因组序列的质粒通过转染试剂转染入慢病毒载体宿主细胞，制得慢病毒载体培养细胞上清液并收集；步骤3：慢病毒载体上清液的纯化，将慢病毒载体上清液依次进行澄清、酶切消化、超滤、层析柱纯化后制得慢病毒载体。系统包括宿主细胞增殖培养装置、慢病毒载体包装装置、慢病毒载体纯化装置，各装置使用一次性无菌耗材，有效避免交叉污染，实现多种产品的共线生产。