本发明公开了一种具有辅助抗肿瘤作用的石莼寡糖复合物的制备方法，其是从绿藻石莼中提取获得石莼多糖粉末，然后利用过氧化氢及抗坏血酸或异抗坏血酸氧化水解石莼多糖，经纯化后得到高纯度的石莼功能寡糖，再与同时制备的降解石莼活性多糖按比例调配成所述复合物。经动物药效学证实，所得复合物在KM小鼠体内对H22肝癌瘤具有显著的杀伤能力，且无明显副作用，是一种无毒性、副作用小、十分安全的生物活性物质，这不仅为石莼作为海洋药物资源的进一步利用提供了新的途径，也为治疗或预防肿瘤的药物开发提供了新的选择。