本发明涉及芬多精组合物领域，更具体地，本发明涉及一种抑菌用纳米芬多精组合物及其制备方法。本发明第一个方面提供了一种纳米芬多精组合物，按重量份计，其包括50～60份纳米芬多精、25～35份植物提取物、20～30份水。通过蔗糖、硬脂酸乙酯、脂肪酸钾、乙醇钠的作用，本发明制备的纳米芬多精在水中以及其它植物提取物中能够快速混合均匀，降低了生产时间，同时采用葡萄柚提取物、薄荷提取物、连翘提取物以及绿萝提取物与纳米芬多精起到协同抑菌作用，杀菌作用力强，效果显著，短时间内就能达到100％的杀菌率，可以有效抑制细菌，可广泛应用于日化用品、化妆品等多个领域。