本发明涉及农业生物技术领域，具体涉及一种酸性蛋白酶及其编码基因和应用。其氨基酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示。本发明的酸性蛋白酶具有良好的性质，可作应用于食品、饲料、医药等工业。根据本发明的技术方案就可以实现利用基因工程手段生产性质优良适合工业应用的蛋白酶。