本发明公开了一种药物活性的预测方法及其应用。本发明所述药物活性的预测方法包括以下步骤：1)通过查询药物靶标互作关系数据库信息，收集人类上市或者在研药物的靶标及其治疗活性信息；2)查找多个致病基因数据库，收集疾病关联基因，根据疾病关联基因的对应药物的有活性率，给予不同数据库来源的疾病关联基因不同的赋分；3)构建药物靶标与疾病关联基因的特征属性；4)构建机器学习预测模型；5)对模型预测效果进行评估；6)预测针对特定疾病有活性的药物。本发明提供的药物活性的预测方法能够作为药物发现领域的GPS，高效识别疾病关联基因，为活性药物的预测研发提供有效指导，并为未来药物发现领域提供全新的方法和思路。