本发明涉及一种难以降解CS‑E的糖胺聚糖裂解酶及其编码基因与应用。糖胺聚糖裂解酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示；糖胺聚糖裂解酶的编码基因和核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；本发明制备的糖胺聚糖裂解酶对HA和CS‑A、CS‑C、CS‑D、CS‑E的比活分别是13.8、7.2、6.7、5.9、5.3U/mg。并以低硫酸化的CS‑E多糖为底物制备高硫酸化的不同聚合度的寡糖，制备的高硫酸化的寡糖可用于抗肿瘤转移。该酶也可应用于医药及化妆品等领域，具有广阔的应用前景。