本发明提供了一种低温下南极磷虾胰蛋白酶的酶活评价方法，其包括如下步骤：分别获得南极磷虾胰蛋白酶的2个亚型和对照组南美白对虾胰蛋白酶；分别构建南极磷虾胰蛋白酶亚型和南美白对虾胰蛋白酶的原核表达载体；将南极磷虾胰蛋白酶亚型的原核表达载体和南美白对虾胰蛋白酶的原核表达载体分别进行提取、纯化和复性；分别对纯化后的南极磷虾胰蛋白酶和南美白对虾胰蛋白酶进行酶活测定；预测南极磷虾胰蛋白酶亚型基因的正选择位点并进行突变，然后进行酶活测定；本发明通过定点突变技术对南极磷虾胰蛋白酶功能位点进行突变，验证了南极磷虾胰蛋白酶在低温下发挥稳定催化活性的位点所在，阐释了南极磷虾胰蛋白酶在低温下发挥较高催化活性的特点。