本发明公开一种药盒自动分拣系统及其分拣方法，包括转筒、驱动装置、传动装置，所述转筒的圆周壁上开有与转筒内部连通的若干个缺口，转筒圆周内壁上设置有若干个凸起，所述凸起位于缺口的旁边，转筒与驱动装置通过传动装置连接，驱动装置驱动转筒旋转。通过转筒、驱动装置、传动装置，转筒圆周内壁上的缺口和凸起，使得药盒在转筒旋转的过程中，在重力作用下从缺口下落，实现药盒自动化的分拣，作业效率高。