本发明公开了一种粪菌胶囊，包括肠溶性胶囊壳和芯材，芯材由芯材载体和粪菌冻干粉组成，芯材载体为多孔的圆筒状结构，粪菌冻干粉吸附于芯材载体的孔隙中。芯材载体采用天然多孔的丝瓜络压制成层后卷积而成，粪菌冻干粉由粪菌液和冻干保护剂冷冻干燥而成。还公开了粪菌胶囊的制备方法，包括粪菌液的制备步骤；向粪菌液中添加冻干保护剂；加入芯材载体后浸泡的步骤；芯材装入肠溶性胶囊壳中得到粪菌胶囊。该粪菌胶囊可降低粪菌冻干粉的释放速率，进而防止粪菌冻干粉中的粪菌被过早地排出肠道，延长了粪菌冻干粉在肠道内释放的时长并与更多的肠壁接触而增加粪菌移植的数量，提高粪菌移植效果。