本发明公开了一种保护化疗损伤肠黏膜屏障功能专用型临床营养配方及其制备方法，包括如下重量份数的组分：3～6份脂肪、25～45份蛋白质、10～25份碳水化合物、12～25份膳食纤维、钠0.11～0.3份、钙0.1～0.2份、铁0.01～0.02份、锌0.01～0.02、镁0.01～0.02份、0.02‑0.3份复合维生素、0.5～5份药食同源成分、益生菌0.1～0.4份、0.1～1份天然植物化合物以及0.1～0.4份新资源食品。本发明提供的临床营养配方针对化疗损伤肠黏膜屏障患者搭配碳水化合物、蛋白质、脂肪的供给能量比值，选择多种维生素、矿物质、药食同源和新资源食品，减轻患者的临床症状，纠正水及电解质代谢紊乱，改善患者的营养状况，安全且无毒副作用。