本发明涉及一种长效抗菌聚酯及其制备方法，将抗菌剂与聚酯在熔融状态下进行反应性共混制得长效抗菌聚酯，其中聚酯的结构式如下：式中，R1和R2为芳香环、环烃或脂肪烃，n＝80～180。制得的长效抗菌聚酯的分子结构中同时含有聚酯链段和抗菌端基，抗菌端基为抗菌剂反应后形成的基团，抗菌剂为羟基苯甲酸和/或羟基苯甲酸酯，其对金黄色葡萄球菌以及大肠杆菌24小时抑菌率≥99％，在水洗50次后对金黄色葡萄球菌以及大肠杆菌24小时抑菌率>95％，在70μW/cm2强度的紫外线照射12h后对金黄色葡萄球菌以及大肠杆菌24小时抑菌率>98％。本发明制备方法简单，成本低廉，制得聚酯品质好且抗菌性能好，应用前景十分可观。