本发明提供了一种油佐剂疫苗破乳后水相的纯化方法，包括以下步骤：将口蹄疫疫苗破乳后的抗原样品进行凝胶电泳；切取其中一个蛋白泳道进行染色确定目标蛋白的条带位置；再切取未染色凝胶上与经染色后的目标蛋白条带位置相同的凝胶进行样品处理；经处理后的胶块进行超声萃取，所得上清液进行真空冷冻干燥或者低温冷冻离心浓缩，即可。本发明通过将破乳后的抗原采用电泳进行分离纯化，提高了抗原的纯度，使纯化后的样品检测重复性良好，提高了检测结果的准确性，且可显著降低图谱信噪比，突出目标分子。且本发明在采用凝胶电泳纯化步骤中，特定采用部分染色的方式，可简化抗原处理步骤，同时增加抗原回收率，降低仪器维护成本。