本实用新型涉及一种原料药物中间体合成废水处理系统，包括中心轴、差速转动驱动机构以及依次连接的第一混合腔室、第二混合腔室、第三混合腔室、下腔室、过滤模块和收集器，第一混合腔室具有入口，入口的上方或内部设有筛网，中心轴上设有旋转叶片，第二混合腔室位于第一混合腔室的下方，第三混合腔室内设有过滤装置，第三混合腔室的顶部具有开口，差速转动驱动机构将中心轴分成转速可不同的上部区段和下部区段，第一、第二、第三混合腔室位于上部区段一侧，下腔室、过滤模块和收集器位于下部区段一侧。本系统通过在中心轴的不同位置加装离合器，实现不同混合腔室的不同速率控制，提高处理效率，结构简单，改造易行，可将改造成本降到最低。