本发明公开了一种用于鉴定HPV清除人群的标志物及其引物和检测方法。该标志物包括Lactibacillus_ gasseri、Actinobacteria、Bacteroidetes和Cyanobacteria中的至少一种微生物。本发明以微生物作为HPV检测的标志物，通过对患者阴道中微生物的检测，即可区分能自发清除HPV和不能自发清除HPV的人群。