本发明公开了一种羧甲基甲壳素的制备方法，该方法在非均相反应的基础上采用二次羧甲基化反应制备粗品，然后将粗品溶解于生理盐水与水的混合液中，待可溶物完全溶解后除去不溶物，继续向溶液中滴入无水乙醇，待溶液中开始出现白色沉淀时停止滴加，然后将溶液滴入剩余的无水乙醇中，收集析出的沉淀，洗涤、干燥，得羧甲基甲壳素成品。本发明采用二次羧甲基化反应，反应更彻底，产品取代度更高、均一性更高；采用正向醇沉加反向醇沉相结合的纯化方式对粗品进行纯化，不仅能对分子量进行筛选，还能使产品纯度得到提高，所得产品分子量更大、分子量分布更集中、纯度更高，具有更好的安全性、有效性和生物相容性，在生物医用材料领域应用范围更广泛。