本发明公开了一种处方自动调剂队列分配方法及装置，该方法为：获取经过审核的多个处方，查询药品仓库以确定每个处方中的各个药品的存储位置，判断处方中是否具有极低频使用药品；若有则对每个药品仓库所具有的极低频使用药品的数量进行排序；若排序第一的药品仓库仅有一个，则将当前待分配处方分配给该药品仓库对应的操作调剂台；若排序第一的药品仓库具有两个及以上或处方中没有极低频使用药品时，则将当前待分配处方分配给具有的当前待分配处方的高频使用药品数量最多的药品仓库对应的操作调剂台。该方法能自动对处方自动调剂队列进行分配，提高药房配药及发药的效率，从而减少单个处方的平均调剂时间或者其它从业医药相关企业的工作效率。