本发明提出一种基于系统生物学阐述中医证的分子本质的分析方法，包括如下步骤：S1、对证中药的文献数据库文本挖掘，明确用药频次最高的药物；S2、根据中药、疾病、基因数据库源文件的内在联系关系，建立“中药成分‑人蛋白/基因‑疾病”关联网络，通过VENN集合分析筛选到气阴两虚对证药物的共同靶点。S3、将共同靶点构建拓扑网络，进行以节点度中心性算法为核心，最终实现对中医证本质的分子层面解释。本发明通过筛选出中医证候的对证中药和疾病靶点基因，能够构造阐释中医证的分子机制的分析方法，有助于更好的认识中医证候的机理。