本发明公开了肿瘤细胞标记分子及其应用，本发明利用单细胞转录组测序结合生物信息学分析的方法，分离和表征了能反映肿瘤的细胞亚群，即高表达CNKSR3的肿瘤血管内皮细胞，基于此，本发明公开了利用CNKSR3鉴定、筛选、分选以及富集肿瘤特异性血管内皮细胞的方法；本发明同时公开了CNKSR3基因在诊断和治疗肿瘤中的应用。