本发明公开了一种利用复合酶制备麦芽低聚糖浆的方法，属于麦芽低聚糖生产技术领域。本发明以淀粉或糊精为底物，通过添加环糊精水解酶和环糊精葡萄糖基转移酶对底物进行协同作用，利用环糊精水解酶充分水解环糊精葡萄糖基转移酶产生的环糊精，一方面，环糊精的水解可以制备麦芽低聚糖；另一方面，环糊精的水解降低了环糊精对环糊精葡萄糖基转移酶的抑制作用，在促进该酶制备麦芽低聚糖的同时提升了环糊精葡萄糖基转移酶对淀粉的利用率，最终可以制备含量达60％以上的麦芽糖至麦芽八糖的复合麦芽低聚糖浆，其中聚合度在四及四以上的麦芽低聚糖的纯度能达到65％以上。