本发明公开了一种高浓度医药中间体废水的处理方法，将高浓度医药中间体废水酸析和芬顿工艺预处理，然后厌氧处理，然后好氧处理。本方法对高浓度医药中间体废水处理效果显著，能有效、快速脱除废水中的大部分有机分子；本方法药剂用量少，设备简单，操作方便；本方法能显著改善废水的生化性能，预处理完的废水无需稀释即可直接进入到生化工序。