本申请属于动物医药技术领域及中药技术领域，公开了一种发酵中草药制剂及其制备方法与应用。本发明所述发酵中草药制剂由中草药黄芪、王不留行、鱼腥草和蒲公英经复合微生物发酵制成。本发明所述发酵中草药制剂是中药和微生物在一起发酵制备的产品能够有效的预防及治疗奶牛乳房炎，同时避免或降低药物治疗产生的毒副作用和药物残留，且不易产生细菌耐药性，更加安全。本发明所述发酵中草药制剂制备方法操作简便，且中草药在发酵后有着特殊的香气，奶牛喜食可直接掺入饲料中进行饲喂，顺应性好。