本发明涉及功能食品及医药保健技术领域，公开了苦丁茶水提物的应用和用于调节肠道微生态的药物组合物。本发明提供了苦丁茶水提物在制备用于调节肠道微生态的药物中的应用和用于调节肠道微生态的药物组合物。本发明通过动物实验研究了苦丁茶水提物在调节肠道微生态中的应用，发现苦丁茶水提物通过改善小鼠肠道菌群的多样性，有效地调节肠道菌群紊乱和改善肠道的屏障功能，降低肠道组织炎症因子的表达，促进肠道黏蛋白的分泌，从而达到降脂减重，降低血糖，降低脂肪堆积的作用。说明苦丁茶水提物能调节肠道菌群紊乱导致的肥胖、Ⅱ型糖尿病和非酒精性脂肪肝病等疾病。