本实用新型涉及生物制药技术领域，提供了一种生物药液灌装装置，包括：设于第二隔离区的药液袋；密闭空腔箱体形成的第一隔离区，所述第一隔离区与所述第二隔离区之间设有进液构件，所述进液构件经第一管路与所述药液袋连接；所述第一隔离区内设有缓冲袋、第二管路、第三管路、蠕动泵及灌装针头，所述缓冲袋经所述第二管路与所述进液构件连接，所述缓冲袋经所述第三管路与所述灌装针头连接，所述灌装针头用于进行灌装工作，所述蠕动泵设于所述缓冲袋与所述灌装针头之间。藉由前述构造，使过滤和灌装过程始终处在隔离环境之中，大大降低了生物药剂染菌的风险。