本发明提供了一种固相萃取柱的压力控制方法、系统及电子设备，涉及固相萃取柱控制领域。该方法根据预设的第一输出压力值，实时控制固相萃取柱中的液面高度。当固相萃取柱中的液位高度第一次达到第一高度阈值时，根据预设的第二输出压力值实时控制固相萃取柱中的液面高度。当固相萃取柱中的液位高度第二次达到第一高度阈值时，根据预设第三输出压力值，实时控制固相萃取柱中的液面高度。当固相萃取柱中的液位高度第三次达到第一高度阈值时，停止固相萃取柱的注液操作。本方法通过采用三级压力闭环控制，提高了压力控制的稳定性，缓解了各类固相萃取柱的堵塞情况，并通过双层针结构来检测固相萃取柱液面高度，有效解决了固相萃取柱堵塞处理的问题。