本发明公开了一种鉴定线纹香茶菜的ISSR‑SCAR引物、试剂盒、鉴定方法及应用，涉及分子标记与药材鉴定技术领域。ISSR‑SCAR引物包括上游引物和下游引物，上游引物的序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物的序列如SEQ ID NO.2所示。本发明利用简单重复序列和延伸碱基作为SCAR分子标记。ISSR‑SCAR引物可以特异性的对线纹香茶菜的基因组进行扩增，具有特异性好、稳定性好的优点，可以快速的鉴定线纹香茶菜，可以避免因居群间的多样性而导致假阳性的发生。