一种制备聚亚甲氧基二甲醚的方法，该方法包括以下步骤：1)加入原料：在反应器中加入甲醛、甲缩醛、离子交换树脂，密封；2)反应：搅拌、升温；3)后处理：冷却，加入氨或有机胺，调节pH；4)分离，获得的有机层为聚亚甲氧基二甲醚。该方法获得的聚亚甲氧基二甲醚的纯度可达99％；甲醛转化率可达95％以上、产品选择性高于50％和整个工艺无废水产生等优点，特别适合工业化生产。