本申请涉及一种代谢组学中的质量控制方法、装置及存储介质，属于代谢组学分析技术领域，该方法包括：等量提取实验样本进行混合得到质量控制样本；获取质量控制样本的样本信息，样本信息包括主成分分析图、实验样本和质量控制样本的波动趋势图和/或质量控制样本的第一主成分值；基于样本信息筛除质量控制样本中的异常样本，得到筛选后的质量控制样本，筛选后的质量控制样本用于进行标准化校正；可以解决QC样本存在异常的问题；提高QC样本的重复性，从而提高非靶向代谢组学的数据分析结果的准确性。