本发明提供了一种低分子海参糖胺聚糖，组成单元为葡萄糖醛酸基、N‑乙酰氨基半乳糖基和岩藻糖基及其硫酸酯基或乙酰酯基。葡萄糖醛酸和N‑乙酰氨基半乳糖通过β(1‑3)及β(1‑4)糖苷键交互连接形成二糖重复结构单元的主链，岩藻糖基以侧链形式连接于主链；以摩尔比计，葡萄糖醛酸基：N‑乙酰氨基半乳糖基：岩藻糖基的比值为1 : (0.8～1.2) : (0.6～1.2)；低分子海参糖胺聚糖的结构中，葡萄糖醛酸基2‑位的10％～30％为硫酸酯基修饰，其余为羟基，岩藻糖基2‑位的10％～30％比例为乙酰酯基修饰，其余为羟基或硫酸酯基。本发明的低分子海参糖胺聚糖具有抗炎、抗血管病变、抗肿瘤或抗肿瘤转移以及改善学习记忆能力的作用，可用于制备相关的药物或保健品。