本发明公开一种白香薷生物碱的高效提取系统及提取方法。所述提取系统的粉碎机出料口与反应器入料口连通，离心机入料口端设煮沸组件，反应器出料口与煮沸组件入料口连通，离心机与浓缩组件闭环连通，离心机出料口与洗脱组件入料口连通，洗脱组件出料口设有过滤膜并与挥发组件入料口连通，挥发组件蒸发口连通冷凝器，挥发组件出料口与萃取组件入料口连通。所述提取方法包括原料预制、萃取分离、浓缩酶解、总生物碱制备、萃取、干燥步骤。本发明通过白香薷粉与酸水处理将生物碱转化为盐沉淀离心并蒸馏浓缩过滤，加入混合酶将纤维沉淀并离心过滤，阳离子树脂置换生物碱并用乙醇醇沉去除杂质，挥发乙醇得总生物碱，最后分级萃取单体生物碱。