本发明涉及一种污水中抗生素抗性基因的深度处理方法，将含有抗生素抗性基因的污水与高铁酸盐混合搅拌，经沉降后，得到净化后的水体。本发明将高铁酸盐投加入污水中，能破坏污水中抗生素抗性基因，而原位产生的含铁氧化物、氢氧化物作为混凝剂，能进一步去除抗生素抗性基因、由高铁酸盐氧化产生的DNA片段及其它可传播的遗传元件(如整合子)。因此本方法既能高效去除水体中的抗生素抗性基因，又能极大降低处理副产物(沉淀固体)对环境的风险。另外，本发明提供的去除方法操作简单，运行管理方便，所需试剂种类单一用量少。试验结果表明，本发明提供的深度处理方法对于污水中广泛检出的抗性基因都有良好的去除效果，去除率达到1.10‑4.37个数量。