本发明公开了一种高浓度医药中间体废水的预处理方法，该方法包括将所述高浓度医药中间体废水用一种萃取剂进行萃取处理，得到萃取相和萃余相，其中，所述萃取剂含有甲基异丁基甲酮，所述高浓度医药中间体废水COD含量不低于5000mg·L‑1。采用本发明提供的方法能够有效地去除所述高浓度医药中间体废水中大部分有机物质。