本发明公开了流感病毒小体(VI)包被的仿生纳米疫苗及其制备方法，仿生纳米疫苗包括流感病毒小体、小粒径氟化颗粒及DNA疫苗，所述仿生纳米疫苗为核壳结构纳米体系，VI为含有流感病毒囊膜蛋白的脂质囊泡，纳米体系的内核为负载DNA疫苗的小粒径氟化颗粒，流感病毒小体包裹于内核表面。本发明的病毒小体具有流感病毒的受体结合活性、溶酶体膜融合活性及抗原活性；小粒径的氟化内核可递送DNA入核、促进蛋白表达。该纳米体系可以实现蛋白疫苗与DNA疫苗的共同装载及各个成分的位点特异性递送，最终获得协同效应以提高免疫效果。本发明属于药物制剂领域与生物医药技术领域，可对流感病毒感染进行有效预防，具有很高的临床应用价值。