本发明公开一种治疗胃溃疡的液晶凝胶纳米粒冻干粉胶囊剂及其制备方法，包括按重量份数活性药物成分3.5～5.5份、联合用药3.5～4.8份、天然磷脂23～27份、脂肪酸甘油酯37～45份、泊洛沙姆7～9份、助溶剂11.4～14.2份、冻干保护剂3.3～5.8份；活性药物成分为泮托拉唑，及奥美拉唑、兰索拉唑、枸橼酸铋钾中至少一种；联合用药为阿莫西林和克拉霉素。本发明还提供了一种上述液晶凝胶纳米粒冻干粉胶囊剂的制备方法，先制备液晶凝胶纳米前体，再将其冷冻干燥制成冻干粉并最终制成胶囊剂。本发明的液晶凝胶纳米粒能共载不同极性药物，增强药物活性和协同作用，提高了整体药效；缓释效果好，药效持续时间长；药物体积小，服用更方便，储存期更长。