本发明提供一种粪肠球菌微胶囊及其制备方法，所述制备方法是将海藻酸钠和魔芋胶作为复合壁材，溶解灭菌后和目标菌悬液混合并搅拌均匀，然后加入到大豆油中，在磁力搅拌器上搅拌直到完全乳化，然后沿器壁快速加入CaCl2溶液，低速搅拌至水油两相分离，最后低速离心收集微胶囊，用CaCl2溶液漂洗后，同条件下收集微胶囊并放置4℃过夜。最后用无菌纱布滤去多余水分后制得粪肠球菌微胶囊。本发明制备的微胶囊具有更好的物理形态以及对目标菌的保护效果，所用制备方法操作简单，便于扩大生产；所用壁材天然安全，并对胃酸具有较强抵抗性能；制备过程中未使用毒性交联剂，保证了包被乳酸菌的活性。