本发明提供利用连续流动反应的胆汁酸衍生物的制备方法。若根据本发明利用连续流动反应来合成胆汁酸衍生物，则相比于现有的间歇型反应，更安全且反应时间大幅减少，并能够以高效率合成高质量的胆汁酸衍生物。尤其，根据本发明，在实质性不包含水的反应条件下进行氢化反应，由此，能够大幅提高熊去氧胆酸(UDCA)氢化反应的转换率(UDCA：CDCA)。