本发明属于环境治理领域，涉及一株寡养单胞菌(Stenotrophomonas sp.)sp3的固定化方法及制备的组合物，所述固定化方法包括，将寡养单胞菌sp3接入液体培养基中，在28～32℃下，以130～150r/min的转速进行吸附固定，固定化初始pH值为7.0‑9.0，吸附时间为37.5～40h，以200mL液体培养基计，菌体接种量为5.0％～10.0％，载体添加量为0.5～2.0g；其中，所述寡养单胞菌sp3的保藏编号为CGMCC No.18394。利用本发明的固定化方法，能够高效固定寡养单胞菌sp3，固定化的菌剂能够明显提高寡养单胞菌氧化黑臭水体中的S2‑。