本发明公开了一株基因工程构建发酵生产苹果酸的重组黑曲霉菌株及应用。它是以黑曲霉CGMCC No.10142为出发菌株，经基因工程构建一株发酵高产苹果酸产量的黑曲霉菌株CGMCC No.12479。将原始黑曲霉的TCA循环中的柠檬酸合酶cs和高柠檬酸合酶hcs基因进行敲除，降低柠檬酸产量。将草酰乙酸水解酶oahA进行敲除，减少草酸的形成。同时将原始黑曲霉四碳二羧酸转运蛋白dct基因和米曲霉CGMCC No.3042苹果酸转运蛋白C4T318基因和丙酮酸羧化酶pc基因整合到黑曲霉基因组上得到重组黑曲霉菌株, 能够发酵积累大量苹果酸。本发明获得的黑曲霉菌株具有生产苹果酸的能力并且杂酸比较少，产量比现有菌株有较大幅度的提高。