本发明公开了一种分离纯化脂肽类surfactin家族化合物的方法，属于发酵工程技术领域。发明采用乙醇去除蛋白质再用酸沉淀和酸洗去除小分子杂质的方法，得到高纯度的surfactin家族化合物。其中surfactin纯度可到达94.2％，回收率为96.3％，地衣素的回收率可达到95.0％，纯度可达92.6％。得到的产品为乳白色粉末，纯度较高，无需进一步精制。本发明采用的一系列分离纯化脂肽类surfactin家族化合物的方法操作简单、绿色环保、成本较低且产品纯度和回收率都较高，能够有效的应用于实际的工业化生产。