本发明提出一种屎肠球菌以及由其制备的复合微生态制剂，属于乳酸菌培养技术领域，能够筛选出益生性及抗逆性均显著的屎肠球菌菌株作为饲料添加剂，可有效替代部分抗生素。同时，其与乳酸杆菌复配可制成存活率高、保质期长的复合微生态制剂。该技术方案提供的屎肠球菌Enterococcus faecium为E.F‑2，保藏编号为CCTCC No : M 2018314。本发明提供的屎肠球菌可作为安全、高效的新型饲料添加剂来部分替代抗生素使用，从而可以满足现代化的饲料工业以及畜牧养殖业的需求。