本发明公开了一种麦芽寡糖基海藻糖水解酶突变体及其应用，属于基因工程和酶工程技术领域。本发明提供了一系列麦芽寡糖基海藻糖水解酶突变体，应用于制备海藻糖，具有比较好的效果。本发明还将麦芽寡糖基海藻糖水解酶突变体在E.coli BL21(DE3)中进行了表达、发酵优化酶，可显著提高酶的产量。