本发明提供一种发酵法生产丁二酸的方法，包括如下步骤：发酵培养液的制备，将葡萄糖、玉米浆、水混合115℃灭菌，降温后加入碱式碳酸镁，通无菌空气下，接入菌种，发酵，得发酵培养液；将发酵培养液灭活过滤除菌后，脱色，酸化，得到浓缩液，抽滤得到丁二酸结晶粗品，滤液为硫酸镁及丁二酸一次母液；将丁二酸结晶粗品，溶入水中，加热至80℃后冷至4℃，得到纯净的丁二酸结晶和丁二酸二次母液，经回收处理后，即可完成丁二酸的生产工艺。本发明产品纯度高，安全可靠，可循环可反复回用，成本优势明显。