本发明提供了一种寡肽的制备方法：将蛋白质溶液预酶解；再进行首次过滤：将预酶解液泵入超滤设备1，酶解后获得透过液1；透过液1进入超滤设备2，加入复合蛋白酶II酶解后获得透过液2；透过液2进行纳滤，获得透过液3和流出液，收集流出液(含寡肽的溶液)，透过液3流回至超滤设备1；然后重复循环：持续向超滤设备1补充蛋白质溶液的溶剂，持续获得透过液1、透过液2、透过液3和流出液；流出液中寡肽浓度小于设定阈值，再次泵入预酶解液。本发明的制备方法，通过两种复合蛋白酶和串联式超滤偶联酶解，控制了蛋白和多肽的水解程度，最大程度提取寡肽，提高原料利用率。该制备方法步骤简单，获得的产品寡肽含量高、收率高，适于工业化生产。