本发明公开了一种共载两性霉素B和阿霉素的靶向药物组合物及其应用，属于药物和药剂学领域。本发明提出了一种新型利什曼病治疗的药物组合物，利用两性霉素B和具有荧光示踪性的阿霉素两种药物被同时负载于一个生物安全性良好的具有pH响应性药物载体材料中形成药物组合物，其中载体材料由具有主动靶向巨噬细胞的亲水性甘露糖残基、β‑环糊精、疏水性丙酰基组成。本发明药物组合物的生物安全性(细胞毒性、溶血毒性)较好，稳定性、pH响应药物释放性、靶向能力及治疗效率都在细胞模型中得到了验证，同时实现了两性霉素B和阿霉素的协同作用，大大降低了药物的用量，减轻副作用和患者经济负担，有望在临床应用上发挥巨大作用。