本发明涉及保健功能食品技术领域，公开了一种改善便秘的壳寡糖组合物及其应用。该壳寡糖组合物，以所述壳寡糖组合物的总重量为100重量份计，含有55‑80重量份的壳寡糖、10‑25重量份的肉苁蓉提取物和10‑25重量份的麻子仁提取物。本发明所述的壳寡糖组合物，通过将能够缓解便秘的壳寡糖、肉苁蓉提取物和麻子仁提取物以特定的比例进行合理配方制成药剂后，通过相互协调作用，可以增强通便作用，改善便秘及调节由便秘引起的肠道菌群紊乱，为壳寡糖提供了一种新用途。