本发明属于组合物领域，具体公开了一种防治便秘的组合物及其保健食品。此组合物按质量百分比计含有20％‑40％的低聚糖、35％‑45％菊糖、20％‑35％黄芪水提物。该组合物可调理肠道微生物环境，用于治疗便秘，且疗效显著，见效快，安全无毒副作用，并且长期服用可增强人体的免疫力。该组合物可以按一定的比例加入保健食品中，制备成具有治疗便秘作用的保健食品，如面粉制品、乳制品、饮料、休闲零食等。