本发明提供一种脱氧野尻霉素的提取方法，所述方法将桑树原料与水混合，超声处理，固液分离，收集清液；对得到的清液进行亲和层析，使用脱附液进行洗脱，收集洗脱液；对得到的洗脱液进行浓缩，对浓缩液进行干燥，得到脱氧野尻霉素。所述方法提取得到的脱氧野尻霉素纯度高，所述方法绿色环保，易于放大，工艺简单，适于工业化生产。