本发明涉及一种提高果胶酶活性的方法，包括以下步骤：在低温等离子体处理装置的处理腔室中设置支架台，支架台上设有多孔材料，将果胶酶放在多孔材料上；对处理腔室进行排空，通入工作气体，并放电处理2‑12min，其中气体压强为20‑95Pa，放电功率为50‑300W。本发明提供的方法可以有效地提高果胶酶的活性，改善处理效果，且处理效率高，且低温等离子体处理过程具有清洁生产的特点，不使用化学药品，绿色环保，具有较好的应用前景。